在選擇生物安全柜之前，對實驗中的生物危害進行全面的風險評估，以確定所需的保護級別，并據此選擇合適的生物安全柜。
根據實驗室的生物安全級別，選擇相應級別的生物安全柜。例如，一級實驗室一般無須使用生物安全柜或使用Ⅰ級生物安全柜；二級實驗室可能需要Ⅰ級或Ⅱ級生物安全柜；三級實驗室應使用Ⅱ級或Ⅲ級生物安全柜；四級實驗室應使用Ⅲ級全排風生物安全柜。
Ⅱ級生物安全柜分為A型、B型、B2型、B3型，其中B2型為全排風式生物安全柜，沒有空氣在安全柜內循環，可同時提供基本的生物和化學防護。
生物安全柜應避開門窗、送風口和人員頻繁走動的位置，設置在實驗間氣流的下游。生物安全柜等有敞開操作口的安全隔離裝置應設置在實驗室排風系統附近，并遠離房間門。
環境與設施要求：
生物安全柜的工作環境應為10~30℃，相對濕度小于75%。
設備應安裝在不能移動的水平面上，并且必須安裝在靠近固定電源插座處。
在沒有連接外排系統的情況下，其頂部距離房間頂部障礙物至少200mm距離，后面與墻面間隔至少300mm距離，以利于外排氣流暢通和安全柜的維護。
為了防止氣流干擾，生物安全柜不得安裝在人員往來的通道中，并且不得使生物安全柜滑動前窗操作口正對實驗室的門窗或靠門窗太近，應遠離人員活動、物品流動及可能會擾亂氣流的地方。在高海拔地區使用生物安全柜時，安裝后必須重新校正風速。
定期對生物安全柜進行計量校準，確保其性能符合要求。校準項目包括安全柜整體及HEPA過濾器的泄漏檢測、氣流速度的校準、負壓/換氣次數的校準、氣流穩定性的校準、報警和自動控制系統的校準、紫外線強度的校準以及震動測試等。
通過合理的選擇和布局，可以確保生物安全柜在實驗室中發揮最大的作用，保障實驗室的生物安全。
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